メチル水銀による中毒性中枢神経疾患であり、その主要な症状としては、四肢末端優位の感覚障害、運動失調、求心性視野狭窄、聴力障害、平衡機能障害、言語障害、振戦(手足の震え)等がある。患者には重症例から軽症例まで多様な形態が見られ、症状が重篤なときは、狂騒状態から意識不明をきたしたり、さらには死亡したりする場合もある。一方、比較的軽症の場合には、頭痛、疲労感、味覚・嗅覚の異常、耳鳴りなども見られる。
また、こむら返りが熊本市内に比べて2倍近い頻度で出ていることや1950年代の水俣市で男性の出生割合が他の年に比べて下がっていることが報告されている水俣病 医師が症状など報告 研究交流集会 /熊本 毎日新聞" src="//www.wicurio.com/pkwk/skin/tinymce/note_big.png" />。
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